Biserica actuala a manastirii Sfantul Ioan cel Nou de la Suceava, avand hramul ”Sfantul Mare Mucenic Gheorghe purtatorul de biruinta”, a fost inceputa in 1514 de catre fiul lui Stefan cel Mare, Bogdan al III-lea cel Orb (1505-1517) si terminata de fiul lui Bogdan, Stefanita (1517-1527) in anul 1522. Cladirea este impunatoare, repetand cu mici deosebiri forma si stilul bisericii Binecredinciosului Stefan cel Mare de la Manastirea Neamt. In biserica se pastreaza moastele Sfantului Ioan cel Nou, martirizat in Cetatea Alba (la sud de Republica Moldova, adica in Ucraina de azi) pe la anul 1332, care au fost aduse la Suceava in 1402 (sau 1415 – istoricii nu sunt siguri) de Alexandru cel Bun si asezate, la inceput in biserica Mirauti din apropiere (pe atunci inca nu era construita biserica Manastirii Sfantul Ioan), iar apoi au fost aduse in aceasta biserica de catre Voievodul Petru Schiopul in 1589.

Biserica a fost pictata in interior si exterior in 1534, in timpul domniei Voievodului Petru Rares. Numele mesterilor nu se cunoaste. Pictura a fost executata in fresca, dupa heumeneutica bizantina. Ea a fost curatata de fum si reimprospatata in anii 1906-1909, de pictorul Iohann Viertelberger. O noua restaurare a picturii s-a inceput in anul 2001, in prezent (octombrie 2007) lucrarile apropiindu-se de final. Printre obiectele de valoare pe care le detine manastirea mentionam gravurile din metal ce impodobesc sicriul cu moastele Sf. Ioan cel Nou. Sunt 12 placi de argint, asezate pe lemnul de chiparos al sicriului si infatisand, ca si frescele, diferite episoade din martiriul Sfantului Ioan.

Turnul clopotnita de la intrare a fost construit in 1589 de Voievodul Petru Schiopul. In anul 1910 i s-au mai adaugat doua etaje.